InterSubMod 是一個專為長讀取 (Long-read) 測序設計的表觀遺傳變異分析工具。它能夠整合甲基化 (Methylation)、體細胞變異 (Somatic SNVs) 與單倍體型 (Haplotypes)，藉此解析腫瘤內的亞克隆結構 (Subclonal Structure)。
請根據您的需求參考以下文件：
| 文件 | 描述 |
|---|---|
| 🚀 快速開始 (Quick Start) | 推薦優先閱讀。包含環境配置、編譯步驟，以及如何使用自動化腳本執行分析。 |
| 📖 專案全貌 (Project Summary) | 詳細的專案技術總結。包含完整分析流程、核心模組架構、演算法說明與技術亮點。 |
- 亞克隆解析 (Subclonal Resolution): 利用 Read-level 甲基化模式，區分不同的細胞群體。
- 多樣化距離度量: 支援 L1、NHD 等多種距離算法，精確量化表觀遺傳異質性。
- 視覺化整合: 自動生成距離熱圖 (Distance Heatmap) 與分群熱圖 (Cluster Heatmap)。
- 高效能運算: 基於 C++17 與 OpenMP 平行化架構，快速處理大規模測序數據。
- 精準位點映射: 修正了 Indel 對甲基化座標的影響，確保每個 CpG 位點的精確對齊。
編譯完成後，即可使用以下指令進行標準全流程測試：
./scripts/run_vcf_all_snv.sh --mode all-with-w1000 --plot-type distance詳細參數與使用方式請參閱 Quick Start。